ARCHE 讓化學代理用計算結果反覆淘汰機理假設，但公開版本無法完整重現論文

研究團隊發布 ARCHE，讓代理不只生成化學反應機理文字，而是把候選解釋送入實際計算流程，再依能量、結構與反應路徑證據修正結論。系統先檢索文獻，從多個研究視角產生、合併及排序假設，挑出五項分別調查；每項假設透過 MiniChem 工具箱提交分子準備、電子結構、反應路徑與結果分析工作，最後由只能讀取證據、不能自行送出計算的 Task Review 決定追加實驗、換下一批假設或回答問題。

論文展示三種任務：重建不對稱反應的立體選擇性過渡態、追查 α-碘硼酸酯在 450 nm 光照下的 C–I 斷裂途徑，以及從鎳催化遷移交叉偶聯找出可解釋選擇性的扭轉變形能描述符。第一案報告主、次過渡態骨架 RMSD 為 0.01／0.15 Å，計算活化自由能差約 1.9 kcal/mol；第二案得到約 64.0 kcal/mol 的激發能，接近 450 nm 光子的 63.6 kcal/mol。

公開的 Arche-Harness 另加入 SQLite 工作記憶、隔離調查工作階段、唯讀審查介面及 `--resume-task`，讓長時間量化化學工作中斷後可接續。工具目錄登錄 65 個動作與 28 個後端，但實際執行仍依賴 Gaussian、Multiwfn、模型 API 與充足運算資源；預設服務設定甚至配置 60 個 CPU 核心、320 GB 記憶體及一張 GPU，並非一般工作站即可完整啟動。

公開性也存在明顯邊界。論文使用由 Qwen2.5-7B-Instruct 訓練的 ARCHE-Chem 與獎勵模型，但其權重、訓練語料及管線沒有釋出；現行 harness 與論文版本的控制流程亦不同。專案自己的重分析腳本更標出案例一候選紀錄數及能量值不一致、案例二複合物形成自由能不同，以及案例三缺少已報告的 Wiberg 鍵級。這使本次釋出更適合稽核架構與既有資料，而不是視為三項化學結論的獨立重現；後續關鍵是補齊模型、原始計算輸入與反應路徑驗證。